Kráľom vymenovaný stoličný kapitán, Miklós Máriássy viedol vojenskú expedíciu gemerských kopijníkov. V polovici 11. storočia rozšíril územie Horného Uhorska až po rieku Hornád, ktorá tvorila severnú hranicu krajiny. Na skalnej vyvýšenine ľavého brehu Hornádu postavil strážnu vežu a vojenský tábor, pod ktorou vznikla kopijnícka osada. Miklósov syn Miklós od kráľa Ladislava I. v listine písanej na ostrove Csepelv v roku 1094 získa povolenie na stavbu hraničného hradu na svojom území. 
    Hoci prvé zmienky hradu sú stále predmetom historiografie, počiatky dnešného markušovského hradu sú nepochybne úzko späté s prvými zmienkami obce a rodu Máriássy. Prvý názov obce Szentmichalur (Svätý Michal Pán) bol odvedený od patróna kostola Sv. Michala. Názov Markušovce je spojený s menom comesa (grófa) Márka, ktorý bojoval v roku 1241 po boku kráľa Bélu IV. proti Tatárom pri rieke Sajó (Slaná), za obcou Muhi. Po prehratej bitke Márk sprevádzal kráľa Bélu IV. cez Spiš až do Benátok. Po návrate domov sa pustil do obnovy Tatármi vypálenej obce. Postavil kamennú obytnú vežu a kamenný kostol, ktorý podľa listiny z roku 1280 už bol dokončený. Podľa jeho mena sa obec začína volať zem Markova, villa Marci, Mariusdorf, Márkusfalva a neskôr Markušovce. Po nevyhnutných úpravách hrad pretrval v takmer nezmenenej podobe až do 15. Storočia. 
    V roku 1486 preberal všetky majetky na Spiši a Gemeri István Máriássy. Bol menovaný za Šarišského, Spišského, a Gelnického kapitána a Spišského župana. Kráľ Vladislav II. potvrdil jeho šľachtický pôvod a doteraz používané erbové znaky boli zjednotené v roku 1504 do jedného erbu. V tom čase István začal s prestavbou Markušovského hradu. Na západnej strane rozšíril hrad o dolné nádvorie s bránou chránenou dvoma polkruhovými baštami. Na hornom nádvorí dal postaviť severný palác. Hrad i kostol  boli prepojené priechodom. Ku kostolu, ktorý je v tesnej blízkosti hradu pristavil dve kaplnky posvätené Sv. Kozmovi a Sv. Demiánovi a na juhu kaplnku posvätenú Sv. Anne. Mesto Levoča s nevôľou sledovalo výstavbu hradu a preto sa sťažovali u Uhorského a Poľského kráľa. Nakoniec sa s Levočou dohodol tak, že kostol nezaradí do hradného areálu. Po smrti Istvána Máriássyho jeho štyria synovia bojovoli proti Turkom pri Moháči v roku 1526. V bitke padli János a Orbán. V boji o uhorský trón medzi Jánom Zápoľským a Ferdinandom Habsburským zvíťazil Ferdinand I. Habsburský. Levoča sa pridala na jeho stranu, a aby dokázali svoju lojálnosť, napadli hrad počas neprítomnosti bratov z rodu Máriássy. Pod vedením Levočského starostu Schneidera napadli s niekoľko sto žoldniermi a Levočanmi s delami a dobývacím strojmi Markušovský hrad v roku 1527. Na juhu podkopali hradný múr a zvalili ho, ako aj juhozápadnú polkruhovú baštu. Markušovský hrad vykradli a podpálili. Kráľ Ferdinand skonfiškoval všetky majetky rodu Máriássy. Predstaviteľ rodu Ferenc Máriássy bojoval na strane kráľa Jána Zápoľského a v roku 1533 padol v boji. Vdova po ňom so šiestimi sirotami ostala bez strechy nad hlavou. Po dlhoročných súdnych sporoch so synom Pálom získali naspäť majetky v roku 1538. Pál Máriássy sa nakoniec dohodol s Levočou a dostal odškodné 1900 zlatých a majer v Gánovciach. Zo získaných peňazí čiastočne obnovil hrad v renesančnom štýle. Pál Máriássy konvertoval na evanjelickú vieru a na hrade založil zemiansku školu v roku 1567, kde sa vyučovalo po latinsky, nemecky a „po našemu“. Markušovský hrad slúžil naďalej rodu, ale potom čo Ferenc Máriássy postavil renesančný zámok pod hradom, bol už neobývaný príslušníkmi rodu. V roku 1773 udrel do kostolnej veže blesk a zapálil kostol. Od neho sa chytil aj hrad, a zhorel do tla. Neskoršie, v roku 1789, hrad čiastočne zrenovoval Farkas (Wolfgang) Máriássy. 
    Po adaptácii budovy so severovýchodnou baštou bol na hrade v roku 1846 umiestnený archív rodu Máriássy. 
    V roku 1933 Ödön Máriássy predal svoje majetky v Markušovciach a odsťahoval sa do Mádu. Zobral so sebou aj rodový archív, ktorý po dohode príslušníkov rodu uložili v Krajinskom archíve v Budapešti. Hrad obývali miestni občania až do roku 1965. V priestoroch bývalého archívu bola umiestnená jedna trieda osemročnej školy od roku 1945 do roku 1959. V tom čase sa Okresný národný výbor, odbor kultúry rozhodol, že na hrade bude zriadené múzeum spišskej šľachty a múzeum Jána Ámosa Komenského. Na základe tohto rozhodnutia Pamiatkostav Žilina, pobočka Levo¬ča, zrealizoval v roku 1971-74 konzerváciu hradu. Hrad od toho času bol už opustený až do roku 1992. 
    Projekt Ministerstva práce a sociálných vecí SR a Ministerstva kultúry SR a Európskeho sociálneho fondu od roku 2017- 2019 podporil skutočnú obnovu Markušovského hradu. Vďaka týmto projektom bol areál hradu vyčistený od sutín, komunálneho odpadu a náletových drevín. Vytriedené kamene zo sutín boli zabudované do severného hradného múra. Na hornom nádvorí, boli postavené dve pultové strechy, kroré chánia klenbovú miestnosť a štvorcovú obytnú vežu. Súbežne s tými to prácami bola realizovaná archeologická sonda naprieč celým hradom od východu na západ. V rámci neho boli najdené významné nálezy. Tým najzásadnejším bolo objavenie základov okrúhlej obytnej veže s priemerom 13 m a hrúbkou muriva 1,6 m z konca 11. storočia.